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서명응의 사상은 선천학의 체계로 구성된다. 그의 사상이 선천학으로 확립된 것은 당시에 전래된 서양 천문학과 기하학에 대한 대응의 논리로 확립된 것이다. 그리고 서양 천문학과 기하학에 대한 대응의 논리로서 선천학은 하도를 중심으로 한 복희의 선천역이다. 그리고 선천학은 송대에 이르러 주렴계의 태극도설과 소강절의 황극경세서로 이어진다고 인식한다. 그리고 복희의 선천학이 송대로 전수될 수 있었던 이유로 노자와 주역참동계를 곱는다. 이러한 인식 때문에 서명응은 선천학의 핵심 내용을 연역하기 위해서 노자에 대한 주석 작업으로 도덕지귀를 완성하고, 내단사상의 핵심 경전인 주역참동계에 대한 주석서인 참동고를 주석한다. 서명응은 노자를 주렴계의 태극도설의 논리로 이해하고, 이를 통해서 “태극론”과 “하도론”, “대역론”을 연역해 낸다. 서명응은 노자의 도를 태극이며, 명은 음양이며, 무명은 무극이라고 이해하는데, 이는 태극론은 조화론과 하도의 중궁과 연결시키기 위함이다. 서학의 천문학과 관련해서는 태극을 행성의 운행과 절기의 유행에 기준이 되는 것이고 이러한 점에서 주렴계의 태극도설이 하도의 내용을 간직한 것으로 이해하고 있는 것이다. 또한 하도의 선천학은 노자의 사유 속에서 깃들어 있다고 본 것이다. 또한 노자를 철저하게 상과 수로 분절하여 이해하고 있는데, 이 역시 하도의 선천사상을 기준으로 분절한 것으로 설명된다. 음양과 오행의 분기와 선천의 관련성을 기준으로 대역과 후천역을 구분하면서, 노자는 대역과 음양만을 말함으로써 선천학의 핵심인 대역에 정통한 것으로 이해한다.서명응의 노자에 대한 이러한 이해는 당시에 전래된 서법에 대한 대응의 논리로서 선천학을 확립하기 위한 것이었고, 조선 사상사에서 노자에 관한 주석사 중에서 태극론의 관점에서 해석해 낸 유일한 주석서가 될 수 있었던 것이다.


徐命膺之思想由先天學的體系組成. 他的思想之所以確立爲先天學是爲對應當時傳來的西方天文學和幾何學. 幷作爲對應西方天文學和幾何學之邏輯的先天學是以河圖爲中心的伏羲之先天學. 先天學還被認爲到了宋代繼到周濂溪之「太極圖說」和邵康節之「皇極經世」. 伏羲的先天學之所以傳到宋代便是老子和「周易參同契」. 因此, 徐命膺爲了演繹先天學的核心內容完成作爲「老子」之註釋「道德指歸」, 而註釋對內丹思想的核心經典, 「周易參同契」的註釋書, 「參同攷」. 徐命膺以周濂溪的太極圖說之論理理解老子, 從而演繹「太極論」, 「河圖論」, 「大易論」. 徐命膺認爲老子之道是太極, 名是陰陽, 無名是無極, 這是爲了把太極論連結到調和論和河圖的中宮. 對西方的天文學來說, 太極行星的運行和節氣的流行之標準, 從這種觀點來看, 了解到周濂溪的太極圖說包含河圖的內容. 幷認爲河圖的先天學滲透老子的思惟. 他還了解到徹底地把老子分爲象和數, 這也是以河圖的先天思想爲標準分開的. 以陰陽和五行之分岐和先天的關聯爲標準而區別大易和後天易, 對老子來說, 只講大易和陰陽, 從而對先天學的核心, 大易很有硏究. 徐命膺之對老子的這種理解是爲了對應當時傳來的西法, 從而確立先天學, 在朝鮮思想史, 老子之註釋史當中, 在太極論之觀點上來解釋的唯一的註釋書.